Door het eeuwenlang steken en baggeren van turf ontstond er ten noorden van Capelle aan den IJssel en Rotterdam een uitgestrekt plassengebied.

Om de opgeofferde landbouwgrond terug te winnen, maar vooral om overstromingen in de omgeving van het gebied te voorkomen zijn de plassen rond 1873 drooggelegd en vormen voor een groot deel de Polder Prins Alexander. De aanvankelijk kale onherbergza­me polder is nu, ruim 150 jaar later, een prima woonstek geworden voor meer dan 200.000 mensen die wonen in één van de laagst gelegen gebieden van Europa.

Het definitieve droogleggingsplan van de Polder Prins Alexander(1859) van Ir. Jan Anne Beijerinck (1800-1871) voorzag in de bouw van drie zogenaamde benedengemalen en een bovengemaal. Het gemaal Jan Anne Beijerinck uit 1869 is als enige van de oorspronkelijke benedengemalen bewaard gebleven.

Aanvankelijk drie, later twee, benedengemalen moesten het water uit de plassen, en na de drooglegging uit de polder, opvoeren naar de 4 meter hoger gelegen ringvaart van waar het door het bovengemaal bij Kralingse Veer in de 2 meter hoger gelegen Nieuwe Maas werd gepompt.

Sinds 1991 wordt het Jan Anne Beijerinckgemaal niet meer gebruikt voor de reguliere bemaling. Die functie is overgenomen door het Mr. P.D. Kleijgemaal bij Nieuwerkerk aan den IJssel, dat een grotere capaciteit heeft gekregen. Het Beijerinckgemaal heeft nog enige tijd een noodfunctie gehad, echter daar is nooit gebruik van gemaakt. In 1993 droeg het Hoogheemraadschap van Schieland het gemaal over aan de Stichting Beijerinckgemaal.

Het gemaal is sinds 24 november 2009 aangemerkt als gemeentelijk monument en kan worden beschouwd als een object van historische waarde met een bijzondere architectuur. Het oorspronkelijk door stoomkracht aangedreven gemaal is nu het oudst nog werkende- en elektrisch bediend gemaal van Nederland. De elektrische installatie, pompen en motoren dateren uit 1927 en zijn inmiddels zeldzaam geworden, terwijl het gemaal historisch van betekenis is vanwege de rol die het heeft gespeeld bij de drooglegging en de waterhuishouding van de Polder Prins Alexander.

De motoren worden periodiek in werking gesteld op draaidagen en ook op andere momenten met als doel de motoren in goede staat te houden.

Hieronder een aantal afbeeldingen van het gemaal in het stoomtijdperk.