De Stichting tot behoud van het gemaal Jan Anne Beijerinck is op 16 november 1988, op initiatief van de heren E.J. Eeftink, Ir. J.C. Goudriaan en G.J. Groenendijk, opgericht.

De stichting, kortweg Stichting Beijerinckgemaal genoemd, stelt zich de volgende doelen;

• Het in oorspronkelijke staat brengen en houden van het gemaal met de daarin geplaatste technische installatie en de bijbehorende grond met waterwerken.
• Educatie over het ontstaan, de geschiedenis en de waterhuishouding van de Polder Prins Alexander, aan met name de schoolgaande jeugd.
• Het in gebruik geven van ruimten aan derden, voor het houden van exposities met een historisch karakter.

Het bestuur van de stichting kon pas echt aan het werk toen het College van Dijkgraaf en Hoogheemraden van Schieland op 29 januari 1991 besloten het gemaal aan de stichting over te dragen.

Schieland had op 1 januari 1974, toen de Polder Prins Alexander werd ontpolderd, de verantwoording voor de waterhuishouding in het gebied van het polderbestuur overgenomen en was daarmee ook eigenaar geworden van het gemaal Jan Anne Beijerinck.

De overdracht aan de stichting vond plaats op 7 september 1993 tegen betaling van één gulden.