Het gemaal Jan Anne Beijerinck is als enige van de drie oorspronkelijke benedengemalen uit 1869 bewaard gebleven. Het gemaal is in 1991 overbodig geworden na de in bedrijfstelling van het nieuwe volautomatische benedengemaal Mr. P. D. Kleij in Nieuwerkerk aan den IJssel.
De gebouwen van de drie benedengemalen zijn in december 1867 aanbesteed. Het gebruik van stoomkracht, in plaats van windkracht, als aandrijving voor de opvoerwerktuigen was inmiddels vanzelfsprekend. Planopsteller Beijerinck wilde voor de bemaling gebruik maken van ijzeren vijzels in plaats van traditionele houten vijzels. Anderen wilden echter centrifugaalpompen omdat deze een hoger rendement zouden hebben.
Na een langdurige discussie hierover kwam men tot een compromis. De benedengemalen in Kralingen en Nieuwerkerk werden uitgerust met centrifugaalpompen en die in Capelle met vijzels. De gemalen werden in oktober 1869 in gebruik genomen. Ter ere van de planopsteller en strijder voor het installeren van vijzels als opvoerwerktuig, kreeg het vijzelgemaal in Capelle in 1868 al de naam van Ir. Jan Anne Beijerinck. In 1870 ging Beijerinck met pensioen.
De vijzels waren echter geen succes en gaven voortdurend problemen. De vijzels bleken niet stijf genoeg, ondanks dat ze van ijzer waren. In 1872 en 1873 werden ze dan ook vervangen door traditionele houten vijzels. Beijerinck, die op 26 maart 1874 op 73 jarige leeftijd overleed zal met verdriet kennis hebben genomen dat juist het vijzelgemaal voor problemen zorgde.
De stoommachine die de vijzels aandreef was gefabriceerd door de machinefabriek H. Tilkin, Mention & Cie te Longdoz (Luik).
In 1899 moest het gebouw worden verbouwd omdat er funderingsproblemen waren. Bij deze verbouwing heeft het gemaal een radicale wijziging ondergaan. De vijzels werden vervangen door centrifugaalpompen, aangedreven door een nieuwe stoommachine van de firma Ateliers du Midi te Charleroi. Om dit te kunnen installeren moest het gebouw vrijwel tot aan de fundamenten toe worden afgebroken. Het pand werd in gewijzigde vorm maar in dezelfde stijl weer opgebouwd. Tegelijkertijd werd ook de machinistenwoning in het gebouw zelf gerealiseerd. Het vernieuwde gemaal werd in december 1899 in bedrijf gesteld en had bijna net zo veel capaciteit als de drie oorspronkelijke benedengemalen samen waardoor het gemaal in Kralingen buiten bedrijf kon worden gesteld.
In 1927 kwam een definitief einde aan het stoomtijdperk. Het Beijerinckgemaal werd een elektrisch gemaal en de stoomketels werden verwijderd. Dit is gebeurd via een groot gat dat gemaakt werd aan de voorzijde van het gebouw. Het ketelhuis werd na het verwijderen van de stoomketels overbodig. In de machinekamer kwamen twee nieuwe Stork centrifugaalpompen (120 m3 per minuut) die elk via tandwielkasten worden aangedreven door elektromotoren (draaistroom, 120 pk, type DMS 11032) van Smit-Slikkerveer. De motoren drijven ook een gelijkstoomdynamo aan (25 V-300 A) en worden bediend door oliebad-schakelaars.
In 1991 is uiteindelijk het gemaal buiten werking gesteld omdat het P.D. Kleijgemaal bij Nieuwerkerk aan den IJssel aanzienlijk in capaciteit was uitgebreid.
De installatie is nog in goede staat, werkt nog steeds en is een monument op zich.